牙签的正确历史至今仍无定论，但考古学家曾在史前人的牙齿中发现类似使用牙签的凹痕，亦曾在牙缝间发现小竹签的残余。在美国，一个使用牙签的是一家在麻州波士顿的海鲜餐厅“联合牡蛎屋”Union Oyster House，发明牙签的企业家在当时很明显的企图以哈佛学生作为客户，甚至于付钱让哈佛学生在该餐厅吃饭，只为了让他们试用牙签。